Фамилия Мукамбаева происходит от мужского имени Мукамбай, что сразу указывает на восточные, скорее всего тюркские корни. В основе фамилии лежит сложносоставное имя, где первая часть «мукам» может восходить к арабскому слову «мукам» (установленный, определенный) или быть вариантом имени Мухаммад, а вторая часть «бай» в тюркских языках означает «господин», «богач», «хозяин». Таким образом, имя Мукамбай можно перевести как «господин, установленный (свыше)» или «богатый, как Мухаммад». Такие имена были распространены у народов Средней Азии, особенно у киргизов, казахов и узбеков, где частица «бай» часто присоединялась к корню для обозначения статуса или пожелания благополучия.

Суффикс «-ева» в окончании — это русский патронимический формант, указывающий на принадлежность. Фамилии с таким окончанием обычно образовывались от отчества: Мукамбаева — дочь или жена Мукамбая. В русской традиции фамилии на «-ов/-ев» и «-ин» закрепились за женщинами, в то время как мужской вариант — Мукамбаев. Сама модель фамилии типична для регионов, где в XIX–XX веках происходила русификация местных имен: к основе добавляли русский суффикс, чтобы адаптировать фамилию к документам Российской империи и позже — советским паспортам.

Географически фамилия Мукамбаева чаще всего встречается в Кыргызстане, Казахстане и среди диаспор этих народов в России. В Кыргызстане, например, имя Мукамбай известно по историческим личностям, вроде манапа Мукамбая из племени сарыбагыш, что делает фамилию не просто родовой, но и отсылающей к определенной родоплеменной структуре. Предки носителей фамилии, скорее всего, были кочевниками-скотоводами или земледельцами, а имя Мукамбай давалось мальчику в надежде на богатство и уважение в обществе.

С точки зрения словообразования, фамилия Мукамбаева стоит в одном ряду с такими, как Акбаева, Кубаева, Токобаева, где основа — двусоставное тюркское имя, а окончание — русское. Встречаются варианты написания через «о» — Мукамбаева, хотя это редкость. Окончание «-ева», а не «-ова», говорит о том, что основа имени заканчивалась на мягкий согласный или «й»: Мукамбай — Мукамбаева. Это типичная модель для фамилий, образованных от имен на «-бай».