Фамилия Мукатаева — женская форма фамилии Мукатаев, и её разбор стоит начать с основы. Корень «Мукат-» с высокой вероятностью восходит к арабскому имени Мукатта (или Мукат), что в переводе означает «отрезанный», «отделённый». В мусульманской традиции такие имена нередко давали с пожеланием, чтобы человек был «отделён» от бед и напастей, или как указание на некое обособленное положение. В тюркских языках, особенно казахском и татарском, это имя могло трансформироваться в личное имя Мукатай, от которого уже по русской модели образована фамилия.

Суффикс «-ев» указывает на русскую патронимическую модель: Мукатаев буквально означает «сын Мукатая». В отличие от славянских фамилий на «-ов», где суффикс присоединялся к основе, оканчивающейся на согласный, здесь мы видим адаптацию тюркского имени с конечным «-ай» в русскую форму. Если бы фамилия сохраняла исконную тюркскую модель, она могла бы звучать как Мукатайулы (сын Мукатая) или Мукатайкызы (дочь Мукатая), но при записи в документах Российской империи и СССР закрепился именно русифицированный вариант.

Географически фамилия Мукатаева распространена преимущественно среди народов Поволжья и Приуралья — башкир, татар, а также в Казахстане. Встречается она и у казахов, где имя Мукатай известно в контексте родоплеменных названий. Например, в составе казахского Младшего жуза есть род Мукатай (подразделение племени байулы), и фамилия могла возникнуть как указание на принадлежность к этому роду, а не от личного имени. Это редкий случай, когда основа фамилии может иметь двойную природу: либо прозвище по происхождению (из рода Мукатай), либо прямое патронимическое образование от имени Мукатай.

Модель образования схожа с фамилиями вроде Абдуллаев, Исмаилов, где тюркское или арабское личное имя получает русский суффикс принадлежности. Однако в случае Мукатаевой суффикс «-ев» присоединяется к основе, оканчивающейся на «-ай», что в русской ономастике редкость — обычно такие основы дают фамилии на «-ин» (как от имён на -а, -я), но здесь мы видим исключение, вызванное, вероятно, влиянием тюркской фонетики, где «ай» воспринималось как часть корня, а не окончание.

В дореволюционных метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний можно встретить запись «Мукатаев» как фамилию тептярей и башкир-вотчинников. Социальный статус носителей был разным: от рядовых скотоводов до мулл и торговцев. Фамилия не принадлежала к дворянским, но и не была исключительно крестьянской — её обладатели входили в податные сословия, но с возможностью социального роста через службу или торговлю.