Фамилия Мукатова происходит от личного имени Мукат. Чаще всего это усеченная форма одного из мусульманских имен, распространенных в среде народов, исповедующих ислам. Среди возможных полных исходных форм — Мукатдам, что означает «ведущий вперед», «руководитель» или «начальник»; Мукатдар, то есть «предопределенное», «судьба»; а также Мукатдас — «со святой душой», «самый дорогой, священный, чистый». Все эти имена восходят к арабским корням и несут в себе пожелание ребенку достойной, значимой судьбы.

Существует и менее вероятная версия, согласно которой имя Мукат — это диалектный вариант тюркского имени Мухан. Его переводят двояко: «слуга, наемный работник» либо «испытывающий, пробующий». Эта гипотеза выглядит слабее из-за заметной фонетической разницы между исходным и производным именем, но полностью исключать региональные искажения при переносе имени в другую языковую среду нельзя.

Сам способ образования фамилии типичен для русской ономастики: к основе Мукат добавлен патронимический суффикс -ов, а окончание -а указывает на женскую линию рода. Мужской вариант — Мукатов. Такая модель означает «сын (или дочь) Муката» и закрепилась в качестве фамилии у потомков человека, носившего это имя.

Процесс становления фамилий у разных народов и сословий растянулся на столетия, поэтому точно определить место и время возникновения рода Мукатовых без специальных генеалогических изысканий невозможно. Однако сам набор имен-основ говорит о том, что предки носителей фамилии жили в среде, где были сильны исламские традиции именования, а сама фамилия сформировалась уже в русскоязычном окружении, вероятно, в Поволжье, на Урале или в Средней Азии, где веками соседствовали тюркские и славянские культуры.