Фамилия Мухаметалин — русифицированная форма восточного имени, и это сразу видно по её строению. Тюркская или арабская основа здесь соединилась с русским фамильным суффиксом -ин, который типичен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на согласный или -а/-я (сравните: Гаврилин, Пушкин). Именно этот суффикс и превратил мусульманское составное имя в привычную для русского уха фамилию.

В основе фамилии лежат два мужских имени: Мухамет (фонетический вариант имени Мухаммад) и Али. Первое в переводе с арабского означает «прославляемый», второе — «возвышенный». Подобные составные имена — распространённая восточная традиция: соединяя два благословенных имени, родители словно суммировали их достоинства и надеялись, что ребёнок унаследует лучшие качества обоих тёзок. Имя Мухаммад давали в честь пророка и основателя ислама (571–632), и родители верили, что ребёнок с таким именем находится под защитой сильного покровителя и ему уготована необыкновенная судьба.

Есть и другая, менее распространённая версия происхождения второй части фамилии. Некоторые исследователи возводят её не к имени Али, а к татарскому слову «ал» — «алый, розовый, румяный». В этом случае прозвище могло характеризовать внешность родоначальника. Однако эта гипотеза выглядит слабее: гораздо логичнее предположить, что в составной фамилии соединились два равноправных имени, тем более что пара «Мухаммад + Али» — одна из самых почитаемых комбинаций в исламе.

Исторический контекст появления таких фамилий связан с тюркскими народами, выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда многие выходцы с Востока поступали на русскую службу и постепенно ассимилировались. Немало дворянских родов России имело нерусское происхождение, и их имена, проходя через русскую словообразовательную модель, закреплялись в документах с суффиксом -ин или -ов.

Сведения о точном родоначальнике Мухаметалиных проверить трудно — письменные источники по таким фамилиям часто отрывочны. Но сам факт бытования фамилии в русской среде говорит о давнем и тесном взаимодействии культур, а её основа сохранила память о двух великих именах исламского мира.