Фамилия Мухаметкужин — яркий пример того, как в русской фамилии сплавились тюркские корни и русская словообразовательная модель. Основа здесь — сложное имя Мухаметкужа (или Мухаметкожа), которое состоит из двух частей: «Мухамет» (арабское «Мухаммад», имя пророка) и «кужа» (из тюркского «кожа» — «господин», «хозяин», а также «святой», «учитель»). Полное имя означает «господин Мухаммад» или «святой Мухаммад» — это типичный для тюркских народов почитательный антропоним, где религиозное имя усиливается уважительным титулом.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Мухаметкужин, то есть сын, потомок Мухаметкужи. В русской среде так оформляли фамилии от основ на -а, -я, и тюркские имена на -а здесь легко вписались в эту модель. Фамилия не получила суффиксы -ов/-ев, что характерно для многих тюркских заимствований, где конечный гласный «а» давал именно «-ин» (сравните: Ахметшин, Ибрагимов — но тут иная основа).

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически жили башкиры, татары и казахи. В Башкортостане и в западных районах Оренбургской области она встречается чаще всего. Это неудивительно: имя Мухаметкужа (или Мухаметкожа) было распространено у башкир и казахов, а после крещения или перехода в православие (что в этих краях случалось нечасто, но бывало) фамилия закреплялась в документах. Впрочем, носителями могли оставаться и мусульмане, так как в Российской империи фамилии давали независимо от вероисповедания.

Уникальность фамилии — в редкости второй части. Если «Мухамет-» — один из самых частых компонентов в татаро-башкирских фамилиях (Мухаметов, Мухаметзянов, Мухаметшин), то «-кужа» встречается несравнимо реже. Это позволяет предположить, что предок был человеком заметным, возможно, уважаемым духовным лицом или старшиной рода, которого называли не просто по имени, а с почётным добавлением. Фамилия не получила массового распространения, и её носители, скорее всего, связаны с одной или несколькими родственными линиями из Южного Урала или Приуралья.