Фамилия Мухиддин — редкий случай, когда русская фамилия образована не от славянского корня, а напрямую от арабского теофорного имени. В основе лежит мусульманское имя Мухиддин (араб. محيي الدين — Мухйи ад-Дин), что переводится как «оживляющий веру» или «возрождающий религию». Это имя широко распространено в исламском мире, особенно среди суфийских шейхов и богословов. В русском языке фамилия не получила типичных суффиксов (-ов, -ин, -ский), так как она была заимствована в готовом виде, без русификации, что указывает на относительно позднее появление в среде российских мусульман — скорее всего, в XIX–XX веках.

С точки зрения словообразования, фамилия Мухиддин — это чистая основа, без патронимических или топонимических формантов. В отличие от фамилий типа Мухиддинов, где суффикс -ов указывает на принадлежность (чей? — сын Мухиддина), форма без суффикса характерна для выходцев из Средней Азии, Кавказа или Поволжья, где арабские имена часто становились фамилиями без изменений. Встречаются варианты написания — Мухитдин, Мохиддин — что связано с особенностями произношения в татарском, узбекском или таджикском языках, где звук «х» может смягчаться или заменяться на «т».

Носители фамилии Мухиддин — это, как правило, потомки людей, чьи предки носили это имя в качестве личного, а затем оно закрепилось за родом. В Российской империи такие фамилии нередко фиксировали у мулл, учителей медресе или купцов, имевших связи с исламским образованием. Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, Дагестане, а также среди среднеазиатских диаспор. В реестрах советского времени её могли записать и как Мухиддинов, если чиновник добавлял русское окончание, но исходная форма сохранилась у тех, кто не проходил через массовую русификацию.

Среди известных носителей стоит упомянуть татарского поэта и просветителя Габдельджаббара Мухиддина (Камали), но здесь важно не путать: его фамилия — Камали, а Мухиддин — часть имени. Это типичная путаница: в мусульманской традиции имя часто состоит из нескольких компонентов, и при записи в паспорт один из них мог стать фамилией. Поэтому для точного генеалогического поиска стоит проверять документы начала XX века, где фамилия могла писаться как отчество или прозвище.