Фамилия Мухиддинова образована от мужского имени Мухиддин, которое в свою очередь восходит к арабскому Muhyiddin — «оживляющий веру» или «возрождающий религию». Это сложное имя: первая часть (мухйи) означает «оживляющий», вторая (дин) — «вера, религия». В исламской традиции такое имя давали с надеждой, что человек станет опорой общины, хранителем и распространителем знаний. Фамилия Мухиддинов (женская форма — Мухиддинова) — типичный пример того, как в советское время на Кавказе и в Средней Азии фиксировали отчества и имена в качестве фамилий, присоединяя русский суффикс -ов/-ев или -ова.

Если смотреть на географию, то фамилия распространена в Таджикистане, Узбекистане, а также среди таджикской и узбекской диаспор в России. Встречается она и у татар, но реже — у татар чаще бытует форма Мухитдинов (с твёрдым «т» на стыке). Разница в произношении и написании — Мухиддинов или Мухитдинов — связана с особенностями местных диалектов и арабской графики: звук «т» в конце первого корня мог озвончаться или упрощаться.

Интересно, что в XIX веке носители имени Мухиддин нередко были выходцами из духовного сословия — муллами, учителями медресе, кадиями. Но фамилия Мухиддинова не обязательно указывает на прямое родство с богословом: её мог получить и внук простого крестьянина, носившего это имя. В советских паспортных столах часто записывали фамилию по отцу, не вникая в сословные тонкости.

Словообразовательная модель проста: основа Мухиддин + типичный русский патронимический суффикс -ов (женский -ова), который в Средней Азии и на Кавказе стал универсальным способом русификации местных имён. Никакой дополнительной семантики вроде «сын такого-то» суффикс уже не нёс — он просто оформлял фамилию по советскому стандарту.

Если сравнивать с однокоренными, то Мухиддинова родственна фамилиям Идрисов, Аминов, Динмухаметов — все они так или иначе связаны с арабскими корнями «дин» (вера) и «мухйи» (оживляющий). Но в отличие от многих «религиозных» фамилий, Мухиддинова не угасла в советский период: имя и фамилия оставались в ходу, особенно в регионах, где исламские традиции сохранялись в быту.