Фамилия Мухиддинов — яркий пример того, как русская паспортная система адаптировала арабское имя. Её основа — мужское личное имя Мухиддин, которое пришло из исламской культуры. В переводе с арабского оно означает «оживляющий веру» или «возрождающий религию» (от мухьи — «оживляющий» и ддин — «вера, религия»). Это имя было распространено среди мусульманского духовенства и учёных, поэтому предки носителей фамилии часто были связаны с религиозным образованием или службой при мечети.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Мухиддин добавили русский патронимический суффикс -ов. Такую фамилию могли дать детям человека по имени Мухиддин, то есть это буквально «сын Мухиддина». В отличие от чисто русских фамилий на -ин, здесь нет чередований или выпадения гласных — суффикс присоединился непосредственно к полной форме имени.

Географически фамилия привязана к регионам, где традиционно исповедуют ислам: Татарстан, Башкортостан, регионы Северного Кавказа, а также Средняя Азия. В русских документах XIX — начала XX века у татар и башкир такие фамилии на -ов фиксировались при переписях и получении паспортов, заменяя собой традиционные арабские родословные (например, ибн Мухиддин).

Стоит обратить внимание на редкое сочетание звуков: фамилия начинается с Мух-, а не с более привычного Мухам- (как в Мухаммедове). Это указывает на то, что имя Мухиддин не было усечённой формой от Мухаммед, а существовало самостоятельно. В ономастических справочниках фамилию связывают с суфизмом: известный средневековый мистик Ибн Араби носил почётное прозвище Мухиддин, так что в редких случаях фамилия могла восходить к прозвищу последователя этого учения.

В современной России фамилия встречается нечасто, но устойчиво — её носители есть в Татарстане и Дагестане. Ударение, как правило, ставится на последний слог: Мухидди́нов, хотя в разговорной речи иногда смещается на третий слог — Мухи́ддинов.