Фамилия Мухуддинов образована от восточного имени Мухутдин, которое в переводе с арабского означает «возрождающий, укрепляющий, защищающий религию». Менее вероятно, что это имя происходит от двух основ: тюркской «мухут» - «океан» и арабской «дин» - «вера, религия». Таким образом, имя Мухутдин может означать «вера, великая, как океан».