Фамилия Мухуддинов происходит от арабского имени Мухутдин, что в переводе означает «возрождающий, укрепляющий, защищающий религию». Это имя составное: первая часть восходит к арабскому корню, связанному с идеей оживления и утверждения веры, а вторая — «дин» — переводится как «вера, религия». Такие имена с компонентом «дин» были широко распространены в мусульманском мире, и от них образовалось множество фамилий у народов, исповедующих ислам.

Менее вероятна версия, возводящая имя к двум разным основам: тюркской «мухут» — «океан» и арабской «дин» — «вера, религия». Сторонники этой гипотезы трактуют имя как «вера, великая, как океан». Однако лингвистически такое смешение языков внутри одного имени малоправдоподобно: арабские имена обычно строятся по внутренним словообразовательным моделям, а не заимствуют корни из тюркских языков. Поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Сама фамилия образована по русской модели: к восточному имени Мухутдин добавили патронимический суффикс -ов, а затем финальное -и. Такой способ русификации мусульманских имён типичен для XIX–XX веков, когда представители народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии получали фамилии по отцу. Форма Мухуддинов с удвоенной «д» — результат адаптации арабского написания к русскому произношению, где гортанный звук передали привычной буквой.

Носители фамилии встречаются в основном в Дагестане, Чечне, Татарстане и среди выходцев из этих регионов, а также в Средней Азии. Среди них есть и потомки духовных лиц — мулл и кадиев, поскольку имя Мухутдин часто давали мальчикам в семьях, где ждали продолжения религиозной традиции. Однако фамилия не указывает на сословие: её могли принять и крестьяне, и горожане, и военные.

В документах фамилия закрепилась в разных написаниях: Мухутдинов, Мухуддинов, Мухтадинов. Вариант с «худ» — результат упрощения трудного для русского уха сочетания «хут» — встречается чаще в бытовой записи, тогда как литературная норма тяготеет к «Мухутдинов». Для генеалогического поиска это важно: если искать предков по архивам, стоит проверять оба написания.