Фамилия Мухлеев — один из тех случаев, где этимология лежит на поверхности, но таит в себе неожиданный социальный срез. Вопреки первому впечатлению, корень здесь — не «мухлевать» в современном значении «обманывать, жульничать». Основа фамилии — древнерусское слово «мухля» (или «мухлей»), которое в диалектах означало «неопрятный человек», «неряха», «замарашка». Слово это, в свою очередь, восходит к общеславянскому корню, связанному с понятием «мутить», «мешать» (сравните: «муть», «мусор»). Прозвище Мухлей давали не мошеннику, а человеку, который ходит нечистым, в грязной одежде или не следит за хозяйством.

Модель образования проста и типична для русского Северо-Запада и центральных областей: суффикс -ев присоединился к основе Мухлей (Мухл- + -ев). Фамилии на -ев обычно образовывались от основ на мягкий согласный или -й. Важно, что ударение в фамилии чаще всего падает на последний слог — Мухле́ев, что косвенно подтверждает происхождение от прозвища, а не от глагола (в глаголе «мухлевать» ударение на -е- сохраняется иначе). Встречается и вариант написания с одной «е» — Мухлев, но форма Мухлеев более архаична и указывает на полное прозвище Мухлей, а не на усечённое Мухль.

В отличие от фамилий, образованных от имён или профессий, Мухлеев — типичное «мирское» прозвище. В крестьянской среде такие имена-характеристики (Неряха, Замарай, Грязнуля) давались не в обиду, а как оберег или просто по внешнему признаку. Иногда прозвище закреплялось за ребёнком, который часто пачкался, или за взрослым, работающим с землёй, сажей, дёгтем — например, за печником, смолокуром или сапожником. Со временем негативный оттенок стёрся, и фамилия стала нейтральным родовым именем.

В ономастике фамилия Мухлеев редкая, но не уникальная. Её однокоренные «родственники» — Мухлин, Мухляев, Мухляков — тоже происходят от того же диалектного «мухля». В современных справочниках фамилия не фиксируется в списках сотен самых распространённых, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, корни рода — в тверских, псковских или новгородских землях, где слово «мухля» было в ходу.

Таким образом, предок носителя фамилии Мухлеев был не хитрецом и плутом, а, напротив, человеком, которого в деревне дразнили за неопрятность или простоту. В этом и состоит исторический курьёз: современное звучание фамилии вводит в заблуждение, а истинное значение — бытовая, беззлобная характеристика из жизни русского крестьянства.