Фамилия Мухомедзянова — это фонетический вариант более распространённой фамилии Мухомеджанов. Разница в написании возникла из-за особенностей произношения: твёрдый звук «дж» в тюркских языках в русской устной речи часто смягчался и упрощался до мягкого «дзь», что на письме отразилось как «дз». Поэтому, хотя на слух фамилии различаются, корень у них общий, и родословная у большинства носителей обоих вариантов едина.

Основа фамилии — составное тюркское мужское имя Мухомеджан. Оно складывается из двух частей. Первая часть восходит к имени Мухаммет (в просторечии — Мухомед), которое пришло из арабского языка и означает «восхваляемый, прославляемый». Это одно из ключевых имён в исламской традиции, данное в честь пророка. Вторая часть — тюркское слово «джан», которое переводится как «душа», «дух» или «дорогой, любимый». В составных именах эта частица служила выражением особой привязанности и почтения.

Таким образом, имя Мухомеджан буквально осмысляется как «душа Мухаммета» — то есть человек, чья душа принадлежит пророку или который дорог, как сама душа. Это имя было широко распространено в среде татар, башкир и других тюркских народов, где подобные двухосновные имена с частицей «джан» («жан») пользовались большой любовью.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе имени добавили патронимический суффикс -ов, а затем родовое окончание -а, указывающее на женскую линию или принадлежность к семье. Первоначально форма Мухомедзянов означала «сын Мухомеджана», а со временем закрепилась как наследственная фамилия. Так потомок человека, которого звали Мухомеджан, получил фамилию, которая по сей день хранит память о его происхождении и о том, какое имя носил его далёкий предок.