Фамилия Мухтарлы — яркий пример тюркской модели образования фамилий, распространённой в Азербайджане и, реже, в других тюркоязычных регионах. Её основа — арабское имя Мухтар, которое означает «избранный», «свободный». В исламской традиции это одно из имён, восходящих к эпитету пророка Мухаммеда — аль-Мухтар. Ключевая особенность здесь — суффикс -лы (вариант -ли, -лу), который в тюркских языках выполняет роль притяжательного или указательного аффикса. В фамилиях он часто указывает на принадлежность к роду или местности: Мухтарлы буквально означает «из рода Мухтара», «относящийся к Мухтару».

Если сравнивать с более привычными русскими фамилиями, то аналогом будет фамилия Мухтаров (с русским суффиксом -ов), но модель с -лы передаёт не просто сыновство, а скорее родовую или клановую связь. В азербайджанской ономастике фамилии на -лы, -ли часто образовывались от имён основателей рода или от названий племён. Так что предок носителя фамилии Мухтарлы мог быть либо человеком по имени Мухтар, родоначальником семьи, либо членом группы, которая называлась «мухтарлы» — то есть «мухтаровцы», «люди Мухтара».

В отличие от фамилий на -оглу (сын) или -заде (рождённый), которые тоже распространены в регионе, суффикс -лы не указывает на прямое родство по отцу, а скорее на принадлежность к более широкой общности — роду или даже территориальной общине. Поэтому фамилия Мухтарлы могла закрепиться за семьёй, которая вела свою историю от некоего уважаемого Мухтара, но не обязательно была его прямыми потомками в первом поколении. Встречается эта фамилия преимущественно в Азербайджане, а также среди азербайджанских диаспор в Иране, Турции и России. Варианты написания — Мухтарли, Мухтарлу — отражают диалектные особенности произношения, но смысл остаётся тем же.