Фамилия Мукимов — редкий случай, когда тюркское имя стало основой для русской фамилии не через прозвище, а напрямую. В основе лежит арабское имя Муким (Муким), которое в переводе означает «постоянный», «устойчивый» или «пребывающий». В исламской традиции это одно из имён, восходящих к качествам Всевышнего, но чаще оно давалось как личное имя с пожеланием ребёнку твёрдости духа и постоянства в вере. Фамилия образована по русской модели: к основе Муким прибавили патронимический суффикс -ов, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — сын Мукима). Таким образом, Мукимов — это «сын человека по имени Муким».

География фамилии в основном привязана к регионам с тюркским и мусульманским населением: Татарстан, Башкортостан, Казахстан, Узбекистан, а также к общинам выходцев из Средней Азии в России. Встречаются и русские носители фамилии, но это, как правило, результат смешанных браков или русификации исходной фамилии в советских документах. Любопытно, что в старых метрических книгах XIX века фамилия могла писаться через «х» — Мукимов, но это не отдельная версия, а просто вариант произношения в некоторых диалектах.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна, но её редкость делает её интересной для этимолога. В отличие от фамилий на -ин, образованных от имён на -а/-я (Иван — Иванов), Мукимов использует суффикс -ов, который в русском языке стал универсальным для основ на твёрдый согласный. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие — Мукомолов (от прозвища, связанного с мукомольным делом) или Муканов (от имени Мукан). Мукимов же стоит особняком: его корень не имеет ничего общего с мукой или помолом, а целиком уходит в арабскую лексику. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается, что подтверждает её недавнее и локальное происхождение — скорее всего, она окончательно закрепилась в документах уже в XX веке, когда паспортная система фиксировала отчества как фамилии.