Фамилия Мукымов — редкая и неочевидная для русского уха. Её форма сразу указывает на нерусское происхождение: суффикс -ов типичен для русских фамилий, но основа Мукым не имеет славянских корней. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от тюркского личного имени или прозвища.

Наиболее вероятная версия связывает основу Мукым с арабским словом «муким» (مقيم), которое через тюркские языки вошло в обиход многих народов бывшей Российской империи. «Муким» означает «постоянный, оседлый, живущий на месте», а также «резидент» или «житель». В мусульманской культуре это слово могло использоваться как личное имя, пожелание ребёнку быть основательным, не склонным к бродяжничеству. Тогда Мукымов — это «сын Мукима», то есть потомок человека, носившего такое имя или прозвище.

Возможна и более прозаичная версия: в некоторых тюркских языках (например, в казахском или башкирском) слово «мұқым» означает «весь, целиком, поголовно». Прозвище Мукым могли дать человеку, который занимался сбором чего-то или объединял людей, но это предположение менее надёжно, так как в фамилиях чаще закрепляются личные имена, а не нарицательные слова в таком значении.

Географически фамилия Мукымов встречается преимущественно среди тюркоязычных народов России и Средней Азии: у казахов, башкир, татар. В русском контексте она почти не фиксируется, что подтверждает её позднее вхождение в общероссийский фамильный фонд через механизмы паспортизации и русификации тюркских имён в XIX–XX веках. Сословно носители такой фамилии чаще всего были крестьянами или скотоводами, хотя единичные случаи могли относиться к духовенству, если имя было связано с исламской традицией.

Словообразовательная модель проста: тюркская основа + русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае не указывает на принадлежность к русскому этносу, а лишь на административное оформление фамилии по русскому образцу. Однокоренных фамилий в русском языке нет, но в тюркской среде встречаются варианты Мукимов, Мукимжанов — с тем же корнем, но разными суффиксами.