Фамилия Мукнаева — один из тех случаев, когда внешне понятное звучание скрывает неочевидную этимологию. Если попробовать разобрать её «на слух», сразу возникает соблазн связать с тюркским словом «мукна» или похожими корнями, но в русском языке такой лексической основы нет. Ключ к разгадке — в суффиксе.

Фамилия образована по модели, типичной для русского Северного Кавказа и южных регионов: основа + суффикс -ев/-ова, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае исходная форма — Мукнай. Это мужское личное имя или прозвище, которое бытовало у народов Дагестана, особенно у аварцев и кумыков. Имя Мукнай (вариант — Мукънай) восходит к арабскому корню, связанному с понятиями «крепкий», «прочный», «устойчивый». В дагестанской антропонимике такие имена нередко давали мальчикам с пожеланием физической силы и твёрдости характера.

Таким образом, Мукнаева — это «дочь (или жена) Мукная», а сама фамилия в основе — патроним, то есть указание на отца. Географически фамилия плотно привязана к Дагестану: основная масса носителей живёт в Хасавюртовском, Кизилюртовском районах и в Махачкале. Встречается она и у чеченцев, но как привнесённая через браки или переселения.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила исходную тюрко-арабскую огласовку без русификации окончания. Если бы она проходила адаптацию через русские говоры, могла бы превратиться в Мукнаев, но форма на -ая — типичный признак женской линии в документах советского времени, когда фамилии жён и дочерей записывали с таким окончанием. В современных паспортах Мукнаева — это уже неизменяемая форма, которую носят и мужчины, и женщины, хотя исторически она женская.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не фигурирует, что подтверждает её региональный, а не общерусский характер. Сравните с однокоренными фамилиями того же ареала: Муктаров, Мукминов — все они строятся по схожей модели «арабское имя + тюркский/русский суффикс». Так что предки носительницы фамилии Мукнаева — скорее всего, жители горного или предгорного Дагестана, где имя Мукнай было в ходу ещё в XIX — начале XX века.