Фамилия Мукнаев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по костяшкам: основа «Мукна-» и типичный для русских фамилий суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного или шипящего). Суффикс указывает на принадлежность: Мукнаев — сын Мукная или человек из рода Мукная.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В башкирском, татарском и казахском языках есть слово «мукна» или близкие к нему корни, означающие «упрямый», «настойчивый», «с норовом». Прозвище Мукнай могли дать человеку с крепким, несговорчивым характером. Такие прозвища в Поволжье и Приуралье были обычным делом: они не несли оскорбления, а скорее фиксировали заметную черту.

Есть и другой вариант, менее очевидный. В некоторых говорах русского севера слово «мукнуть» означало «заскучать», «затосковать» или «покрыться плесенью» (от сырости). Если допустить, что Мукнай — это прозвище от «мукнуть» (например, вялый, медлительный человек), то фамилия могла возникнуть и на русской почве. Но тюркская версия выглядит убедительнее: во-первых, суффикс -ай характерен для тюркских имён и прозвищ (сравните Туктай, Буктай), а во-вторых, фамилия Мукнаев встречается в основном в Башкортостане и соседних регионах, где веками жили башкиры и татары.

По сословному составу Мукнаевы, скорее всего, были из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано. В советское время фамилия не исчезла, но осталась локальной — её носители живут компактно на Южном Урале и в Зауралье.