Фамилия Муктаева происходит от мужского личного имени Муктай, которое в свою очередь восходит к арабскому корню со значением «сильный, мощный, способный». В некоторых трактовках имя связывают с эпитетом Муктадир, что добавляет к значению оттенок «живущий в богатстве и изобилии». Таким образом, основа фамилии — не прозвище и не ремесло, а личное имя, которое родители давали сыну с пожеланием силы и достатка.

По модели образования фамилия Муктаева — типичная русская фамилия, оформленная суффиксом -ев, который присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или й. В данном случае основа Муктай при добавлении суффикса дала форму Муктаев, а женский вариант Муктаева возник как естественное грамматическое соответствие. Такая схема характерна для фамилий, которые формировались в среде, где русский язык служил языком официального делопроизводства, но при этом сохранялись имена восточного, в первую очередь арабского, происхождения.

Имя Муктай встречается у народов, исповедующих ислам, в Поволжье, на Кавказе и в Средней Азии. Фамилия Муктаева распространена преимущественно в тех же регионах, что указывает на её вероятное происхождение в среде татар, башкир или народов Дагестана, где арабские имена через исламскую традицию вошли в обиход ещё в эпоху Средневековья. При этом сама фамилия — явление более позднее: она закрепилась за потомками носителя имени Муктай уже в XVIII–XIX веках, когда у мусульманских народов Российской империи начался массовый процесс перехода к фамилиям по отцу.

Процесс формирования фамилий был длительным и неравномерным. У одних родов фамилии закрепились рано, у других — только в начале XX века. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Муктаевых можно лишь на основании генеалогических исследований, которые требуют работы с метрическими книгами, ревизскими сказками и документами сельских обществ. Сама же фамилия не несёт указания на сословие: её могли носить и крестьяне, и представители духовенства, и торговые люди, поскольку имя Муктай не было привилегией какой-то одной группы.

Стоит обратить внимание на редкий для русских фамилий звуковой облик: сочетание «кт» в корне выделяет фамилию среди более привычных образований от славянских имён. Это делает Муктаеву легко узнаваемой и одновременно часто подверженной искажениям при записи — в документах можно встретить варианты Мухтаева, Муктаева с ударением на второй или третий слог. Однако написание через «кт» — исходное, и именно оно отражает арабский источник имени.