Фамилия Муктаров звучит как типичная патронимическая фамилия, образованная по русской модели: основа плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Муктара). Но её основа — Муктар — явно не славянского происхождения, и это сразу задаёт направление поиска.

Муктар — мужское имя арабского корня. В переводе с арабского «мухтар» (مختار) означает «избранный», «выбранный». В исламской традиции это одно из имён, образованных от эпитетов, связанных с божественным избранием. Встречается оно у народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, народов Кавказа, у среднеазиатских тюрков. Поэтому носители фамилии Муктаров в России — это, скорее всего, потомки татар, башкир или выходцев из Закавказья, которые в XIX–XX веках получили фамилию по отцу по русскому образцу.

Интересно, что фамилия могла появиться не только от имени Муктар, но и от прозвища. В тюркской среде «мухтар» также означало сельского старосту или выборного главу (например, в Османской империи — мухтар деревни). Если предок занимал такую должность, его могли прозвать Муктаром, а потом это прозвище закрепилось как фамильное. Таким образом, Муктаров — это не обязательно «сын человека по имени Муктар», но и «сын старосты».

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Азербайджане и Дагестане. В русских документах фамилия фиксируется с конца XIX века, когда активно шёл процесс русификации фамилий мусульманских народов. Примечательно, что ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Муктаро́в, что тоже выдаёт её нерусское происхождение (в русских фамилиях ударение чаще на основу или суффикс).

Если сравнивать с однокоренными, то Муктаров стоит в одном ряду с фамилиями Мухтаров (с тем же корнем, но через «х»), Мукташев, Муктасимов. Форма без «х» — Муктаров — могла возникнуть из-за особенностей произношения в диалектах, где звук «х» в начале слова ослаблялся или исчезал.