Фамилия Муктарбек — редкий пример фамилии, которая не перешла в привычную русскую форму с суффиксом (-ов, -ев, -ин), а сохранилась в исходном виде как полное имя-прозвище. Это типичный случай для фамилий тюркского и кавказского происхождения, где родовое имя часто закреплялось без адаптации. В основе лежит арабское имя Мухтар (المختار — «избранный», «избранник») и тюркский титул «бек» (господин, князь, предводитель). Таким образом, Муктарбек буквально означает «избранный господин» или «избранный бек».

Словообразовательная модель здесь — сращение двух компонентов в одно имя. В тюркской ономастике такие двусоставные имена (где вторая часть — бек, мирза, хан) были распространены среди знати и военной верхушки. Фамилия, скорее всего, закрепилась за потомками человека, которого звали Муктарбеком: либо по его социальному статусу, либо как личное имя, данное при рождении с пожеланием стать «избранным предводителем».

Встречается фамилия в основном у народов Центральной Азии — казахов, киргизов, отчасти у узбеков и татар. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии могли записывать через «а» (Муктарбек) или «у» (Мухтарбек) — вариативность связана с передачей арабского гортанного звука. В отличие от фамилий на -ов/-ев, она не указывает на принадлежность к конкретному сословию в Российской империи, но её компонент «бек» намекает на происхождение из среды, где ценилось родство с местной аристократией или старшинами.

Точных данных о первых носителях фамилии в открытых источниках мало, но можно предположить, что предки носителей Муктарбек были либо мелкими феодалами, либо уважаемыми старейшинами в кочевых или полукочевых общинах. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Средней Азии и Казахстана, что делает её редкой и географически привязанной.