Фамилия Муракаева ведет свое начало от прозвища Муракай, которое, скорее всего, образовано от основы «мура» с помощью тюркского уменьшительного суффикса -кай. Прозвище Муракай, предположительно, восходит к казахскому слову «мура», которое переводится как «наследие». Таким образом, вполне вероятно, что прозвище Муракай в буквальном смысле означает «наследник». Возможно, такое прозвище получил единственный ребенок в семье. Не исключено также, что фамилия Муракаева образована от имени Муракай, которое является вариантом восточного имени Мурзакай. Оно, в свою очередь, этимологически связано с тюркским «мурза», то есть «представитель знати, сын эмира». Согласно еще одной гипотезе, фамилия Муракаева происходит от аналогичного прозвища, которое ведет свое начало от названия деревни Муракай, расположенной в Абзелиловском районе Республики Башкортостан. Среди наиболее известных однофамильцев - Марсель Гайбатуллович Муракаев, мастер спорта России по каратэ международного класса, судья II категории. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Муракаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.