Фамилия Мураканов — одна из тех, где ключ к происхождению лежит не в славянском корне, а в тюркском имени. Основа здесь — личное имя Муракан. Это сложносоставное имя, которое чаще всего расшифровывают как «Мурат-хан»: первая часть восходит к арабскому Мурат (مراد — «желанный», «цель», «намерение»), вторая — тюркский титул хан («властитель», «правитель»). Со временем в произношении конечный согласный «т» мог выпасть или перейти в «к» под влиянием тюркской фонетики, а «долгий» звук на стыке компонентов дал форму Муракан.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и исламские традиции: Поволжье (особенно Татарстан и Башкортостан), Северный Кавказ, а также Средняя Азия. В русской записи фамилия получила типовой патронимический суффикс -ов, который буквально означает «сын» или «потомок»: Мураканов — «сын Муракана».

Модель образования проста и показательна. В отличие от многих фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я (Муканов — от Мукан), здесь суффикс -ов присоединился к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Это стандартная схема для русской адаптации тюркских имён: если исходное имя заканчивается на согласный, фамилия почти всегда будет на -ов, а не на -ин.

Редкость фамилии говорит о том, что родоначальник, носивший имя Муракан, был заметной фигурой в своей общине, но фамилия не получила массового распространения. Вполне вероятно, что предки Муракановых были служилыми людьми (например, татарскими мурзами или башкирскими старшинами), которые получали фамилии по имени отца при переходе в русское подданство или при переписях XIX века.