Фамилия Мураками — японская, и с точки зрения русской ономастики это заимствование, а не исконная модель. Поэтому разбирать её по суффиксам -ов или -ин бесполезно: она не прошла через русскую словообразовательную машину. В Японии фамилии записываются иероглифами, и Мураками — одна из самых распространённых, входит в двадцатку по частоте.

Иероглифическое написание — 村上. Первый знак 村 (мура) означает «деревня», второй 上 (ками) — «верх», «над». Вместе это даёт значение «над деревней» или «верхняя деревня». Так могли назвать поселение, расположенное выше по склону или у истока реки относительно другого села. Соответственно, фамилия указывала на место жительства предка: он был из той самой верхней деревни.

В русском языке фамилия закрепилась в транскрипции «Мураками» — без склонения, как и положено японским фамилиям. Путаница иногда возникает с ударением: в японском оно музыкальное, но в русском обычно ставят на последний слог — Мурака́ми, хотя встречается и вариант с ударением на второй.

Сословных ограничений у этой фамилии не было: её носили и крестьяне, и самураи, и аристократы (род Мураками Гэндзи). В современной России фамилия встречается редко, почти всегда у людей с японскими корнями или у потомков смешанных браков. Если ваш предок носил Мураками, он почти наверняка был выходцем из сельской местности — из деревни, стоявшей выше соседней.