Фамилия Муратчаев — одна из тех, что построена по тюркской модели с русским суффиксом. Её основа — мужское имя Муратча, уменьшительно-ласкательная форма от имени Мурат (араб. «желанный», «цель»). Суффикс -ча в тюркских языках придаёт имени оттенок близости или уменьшительности, примерно как -ка в русском (Иван — Ивашка). А финальное -ев — уже чисто русский патронимический суффикс, присоединённый к основе на мягкий согласный. Получается: «сын Муратчи» или «потомок человека по имени Муратча».

Словообразовательная модель здесь двойная. Сначала тюркское имя адаптировали в бытовой форме (Муратча), а затем, при оформлении фамилии по русским стандартам, к ней добавили -ев. Это типично для фамилий народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, где в XIX–XX веках фиксировали родовые прозвания по отцу. В отличие от фамилий на -ов (Муратов, Муратчанов), вариант с -ев встречается реже и часто указывает на более позднюю или менее стандартизированную запись в документах.

Географически фамилия Муратчаев наиболее вероятна у кумыков, ногайцев, аварцев или других народов Дагестана и Ставрополья. Имя Мурат там распространено, а форма Муратча могла быть домашним прозвищем старшего в роду. В русских переписных книгах и метриках такие фамилии появлялись с середины XIX века, когда горцев начали массово приписывать к сословиям и записывать по отчеству.

Споров о происхождении здесь немного. Единственная альтернативная версия — от тюркского слова «мурат» в значении «желание» с добавлением -ча (то есть «исполнитель желаний»), но это менее вероятно: в ономастике личные имена всегда дают больше производных, чем нарицательные. Правдоподобнее считать, что предок носителя фамилии был просто Муратча — человек, которого в семье звали ласково или уменьшительно, а при оформлении фамилии это закрепилось.

Фамилия не слишком частая, но и не уникальная: её можно встретить в Дагестане, Чечне и среди тюркоязычных общин. В отличие от массовых Муратовых, Муратчаев несёт в себе отпечаток региональной фонетики и живой речи, где имя сократили и «обкатали» в быту.