Фамилия Муратшаева — женская форма, образованная от мужской фамилии Муратшаев. Её основа — составное тюркское имя Муратша, которое восходит к двум элементам: арабскому «Мурат» (в переводе «желанный», «цель») и персидскому «шах» (властитель, царь). Полное имя Муратша можно понимать как «желанный владыка» или «царь желаний» — типичный для мусульманской ономастики комплиментарный антропоним, где к благопожелательной основе добавляют титул. Не путать с фамилией Муратшаева, которая может писаться через «д» (Мурадшаев) — в русской записи глухой звук «т» на конце первого корня встречается чаще из-за адаптации.

Словообразовательная модель типична для регионов с татарским, башкирским и кавказским влиянием: суффикс -ев/-ев (вариант -ов после шипящих и мягких) присоединялся к основе на -а. В русском языке такие фамилии закрепились в XIX–XX веках, когда мусульманские имена оформляли по образцу русских отчеств. Географически фамилия Муратшаева распространена в Татарстане, Башкортостане, а также среди кумыков и ногайцев — у народов, где имя Муратша исторически было в ходу. Встречается и у крымских татар, но реже.

В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые часто указывают на отчество предка (чей сын), суффикс -ев здесь работает так же: Муратшаев — буквально «потомок Муратши». Такой способ образования был массовым при записи в метрические книги и переписи, когда фамилию давали по имени отца или деда. Если предок носил имя Муратша, то его дети получали фамилию Муратшаевы без дополнительного прозвища или ремесла в основе.

Иногда фамилию путают с однокоренной Муратов (от Мурат без «шах»). Разница в том, что Муратша — двусоставное имя, более редкое и церемониальное. В архивных записях XVIII–XIX веков можно встретить варианты написания: Муратшаев, Муратшев, Муратшаевъ — колебания вызваны передачей мягкого «ш» и неустойчивостью русской орфографии того времени. Социальный состав носителей — крестьяне и мещане, реже купцы; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.