Фамилия Муратшина образована от мужского имени Муратша, и в основе её лежат два арабских корня: «мурат» — «желанный» и «шах» — «царь, монарх». Смысловое наполнение имени прозрачно: так нарекали долгожданного, вымоленного сына, наследника, на которого возлагали особые надежды. Имя звучало как титул и пожелание одновременно — «желанный государь» или «царь для своих родителей».

Словообразовательная модель здесь классическая для тюркских фамилий: к основе Муратша добавляется русский притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально фамилия отвечает на вопрос «чей?» — сын Муратши, потомок Муратши. В этом она родственна фамилиям типа Абдуллин, Габдуллин или Тимиршин, где русский суффикс наложился на мусульманское имя. Интересно, что в татарской среде, откуда фамилия преимущественно происходит, ударение чаще падает на последний слог — Муратшина, что отличает её от русифицированных вариантов.

Имя Муратша — составное, и это характерная черта восточной ономастики. Соединение двух значимых основ в одно имя было распространённым приёмом: так родители стремились передать ребёнку сразу несколько качеств или пожеланий. Встречаются и другие комбинации с основой «шах»: Шахмурат — где порядок основ обратный, а также Галимша, Зарифша. Все они образуют параллельные фамилии, которые бытуют в той же среде.

Формирование фамилии у тюркских народов шло неравномерно. Если у русских фамилии в основном закрепились к XVII–XVIII векам, то у татар и башкир этот процесс растянулся вплоть до начала XX века. Часто фамилию давали по имени отца или деда, и Муратшина могла закрепиться за родом лишь во втором или третьем поколении после того, как имя Муратша перестало быть личным и стало родовым прозвищем. Поэтому точное место и время возникновения конкретной ветви Муратшиных можно установить только через генеалогические изыскания.

Фамилия сегодня встречается преимущественно в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах компактного проживания башкир и татар. Известный носитель — Фларит Рашитович Муратшин, родившийся 13 января 1962 года; он занимал должность заместителя начальника Государственно-правового управления Администрации Президента Республики Башкортостан. Его карьера в республиканской администрации показательна: фамилия не ушла в прошлое, а продолжает бытовать в том же регионе, где имя Муратша давали детям столетия назад.