Фамилия Мурехина образована от прозвища Муреха. В основе лежит распространённая модель, когда имя-прозвище отца становилось фамилией сына: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «сын Мурехи» или «из семьи Мурехиных». Это типичный для северных и центральных русских говоров способ закрепить семейное прозвище, поэтому сама форма фамилии говорит о её русском происхождении, а не о заимствовании.

Что означало слово «муреха»? Есть две основные версии. По первой, так в народе называли ласкового, мягкого человека, либо, наоборот, льстивого, того, кто умеет подольститься. Прозвища с уменьшительным суффиксом -ех- часто давали по характеру, и со временем оно закреплялось за всем родом. По второй версии, корень связан с румынскими словами: mur — «ежевика», «стена», «чёрный как смоль», а также mura — «солить, засаливать». Если следовать этой гипотезе, прозвище могло описывать внешность предка — смуглого, черноволосого человека, — или его занятие, например, засолку продуктов.

Правдоподобнее выглядит первая версия. Она проще и естественнее для русской ономастики: прозвища по характеру давали повсеместно, а румынское влияние на русские говоры ограничено юго-западными регионами, где фамилия Мурехина встречается редко. К тому же в русских диалектах существует близкое слово «мурый» — тёмный, бурый, что тоже могло дать прозвище Муреха человеку с тёмными волосами или смуглой кожей. Эта версия объединяет обе гипотезы: и внешний признак, и славянский корень.

Фамилия довольно редкая, её носители встречаются преимущественно в Поволжье и на Урале, куда в XIX веке переселялись крестьяне из центральных губерний. Это косвенно подтверждает, что прозвище бытовало в народной среде, а не среди дворянства: фамилии с суффиксом -ин на -а чаще закреплялись за крестьянскими и мещанскими родами. Дворянские фамилии обычно имели форму на -ов или -ский, поэтому Мурехина — яркий пример простонародной модели именования.

Потомок человека с прозвищем Муреха, будь он ласковым льстецом, смуглым крестьянином или солеваром, со временем получил фамилию Мурехина. Сегодня она сохраняет память о той эпохе, когда личное прозвище было важнее официального имени, а по одному слову можно было угадать, какого человека уважали или над чем посмеивались в деревне.