Фамилия Мурзаханова образована от мужского имени Мурзахан, которое складывается из двух тюркских основ: «мурза» (принц, князь, знатный человек) и «хан» (правитель, повелитель). То есть имя в целом можно перевести как «князь-правитель» или «знатный хан». Это составное имя — типичный пример восточной антропонимической традиции, где титулы и звания становились личными именами, а затем переходили в фамилии.

Сама фамилия построена по русской словообразовательной модели: к основе Мурзахан добавляется притяжательный суффикс -ов и окончание -а, указывающее на женскую линию рода. Мужской вариант — Мурзаханов. Такая модель означает «сын (или дочь) Мурзахана», то есть фамилия закреплялась за потомками человека, носившего это имя.

Имя Мурзахан бытовало в среде тюркоязычных народов, исповедовавших ислам, — у татар, башкир, казахов, народов Кавказа. В дореволюционной России такие имена часто встречались среди служилых татар и башкир, которые входили в состав дворянских или казачьих сословий. Поэтому носители фамилии Мурзахановы могли иметь предков как из знатных родов, так и из простых общинников, где имя давали в честь уважаемого старца или в память о знатном предке.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов был долгим и неравномерным. Часть семей получила фамилии ещё в XVII–XVIII веках, когда русские писцы фиксировали имена и прозвания в переписных книгах, другие — лишь в XIX веке, при массовой паспортизации населения. Поэтому сказать о точном месте и времени возникновения конкретного рода Мурзахановых можно только после изучения генеалогических документов: ревизских сказок, метрических книг, посемейных списков.

Обратим внимание на редкую особенность: в фамилии сохранился полный вариант имени с обоими компонентами. Часто такие составные имена сокращались — например, до Мурзин или Ханов. Сохранение полной формы говорит о том, что имя Мурзахан было устойчивым и употребительным в роду, а не случайным сочетанием.

Встречается и вариант написания Мурзаханов с одной «н» в окончании — это нормально для русской передачи тюркских основ. В быту фамилию иногда путают с похожими Мурзаев или Мурзабеков, но корень у них общий — «мурза», тогда как вторая часть имени различает разные роды.