Фамилия Мусагалеев — яркий пример того, как в русской фамилии сохранилось полное мусульманское имя, состоящее из двух частей. Её основа — составное арабо-тюркское имя Муса-Гали (или Мусагали). Первая часть, Муса, — это коранический и библейский пророк Моисей (Муса в исламской традиции). Вторая часть, Гали (от арабского «али» — высокий, возвышенный, могущественный), — один из эпитетов Аллаха и распространённый компонент имён (например, Али, Галим). Соединение двух имён в одно — типичная для тюркских народов практика, подчёркивавшая благочестие и уважение к религиозным авторитетам.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или й. В данном случае от имени Мусагали (в русской адаптации Мусагалей) с помощью суффикса принадлежности возникла форма «Мусагалеев», то есть «сын Мусагалея». Это типичная патронимическая фамилия, каких много у народов Поволжья и Приуралья — татар, башкир, казахов. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что исходное имя в бытовом произношении звучало как Мусагалей (с конечным й), а не Мусагали.

Географически фамилия Мусагалеев наиболее распространена в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Носители фамилии — потомки тех, кто в XVIII–XIX веках получил фамилию по имени отца при переписях или в ходе мусульманского прихода. Встречаются варианты написания: Мусагалиев (с сохранением конечного и) и Мусагалеев — оба равноправны, хотя второй закрепился в русских документах как более привычный для уха.

Словообразовательно фамилия интересна тем, что не подверглась усечению или адаптации: в ней сохранился полный именной комплекс, что редко встречается среди русских фамилий, но нормально для тюрко-татарских. Социальный контекст: предки Мусагалеевых, скорее всего, были крестьянами или торговцами, а само имя Мусагали давалось в честь уважаемых религиозных деятелей. Никакой легенды о дворянском происхождении или связи с известными историческими личностями за этой фамилией не зафиксировано, что делает её честным свидетельством массовой ономастической практики.