Фамилия Мусагалиев образована от мужского тюркского имени Мусагали. Первая из них восходит к еврейско-арабскому имени Муса. По другой версии, это имя является мусульманским вариантом древнееврейского имени Моисей и означает «ребенок, сын». Вторая часть ведет свое начало от имени Гали, которое в переводе на русский язык означает «высший, высокий, великий, дорогой», «превосходящий над всеми». Таким образом, потомок человека, которого звали Мусагали, со временем получил фамилию Мусагалиев.