Фамилия Мусалин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, перешло в фамилию напрямую, без типичного патронимического суффикса. Если бы её образовали от имени Мусала по стандартной модели, мы бы имели Мусалов. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мусалин, то есть «сын Мусалы». Но исходная форма — не имя, а прозвище.

Корень здесь — «мусал». В южнорусских и украинских говорах так называли большой молот, кувалду или тяжёлую колотушку, которой вбивали сваи или дробили камни. Отсюда прозвище Мусала могли дать сильному, грузному человеку, кузнецу или дорожному рабочему. Вторая, менее вероятная версия, выводит прозвище из тюркских языков, где «муса» — имя Моисей, но в таком случае фамилия должна была писаться через «о» (Мусалин при тюркском «Муса» — скорее исключение).

География фамилии подтверждает первую версию. Основная масса Мусалиных сосредоточена в Курской, Белгородской и Воронежской областях — это зона южновеликорусского наречия, где слово «мусал» было в ходу. Встречается фамилия и на Кубани, куда переселенцы принесли прозвище с собой.

Суффикс -ин в этой фамилии работает как притяжательный, но в отличие от «стандартных» фамилий на -ов, он чаще закреплялся за прозвищами, которые не воспринимались как полные имена. Поэтому Мусалин — не «сын Мусала», а скорее «тот, кто из рода Мусалы», причём прозвище могло быть не личным, а семейным — относиться к целому роду силачей или кузнецов.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мусалов, Мусальский — показывает, что форма Мусалин самая редкая и локальная. Если Мусалов мог возникнуть в любой среде, то Мусалин почти наверняка указывает на конкретное место: южнорусское село, где прозвище было на слуху.