Фамилия Мусалинов — редкий пример, где на стыке имени и суффикса возникла неоднозначность. Скорее всего, её основа — арабское имя Муса (библейский Моисей), широко распространённое у народов, исповедующих ислам. К имени добавили русский патронимический суффикс -ин, который в фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Мусалин, то есть сын или потомок Мусы. Но форма Мусалинов вместо ожидаемого Мусалин или Мусаев наводит на мысль о промежуточном звене.

Дело в суффиксе -ин-ов, который встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён, уже имевших суффикс -ин. В ономастике это называют «фамилией второго порядка». Вероятно, сначала существовало прозвище Мусаля или Мусала — так на юге России и в Поволжье могли называть человека с тёмными кудрявыми волосами (от тюркского «мусала» — чёрный, смуглый) или же того, кто постоянно поминал пророка Мусу в речи. От этого прозвища образовалась форма Мусалин («чей сын?» — Мусалин), а затем, для уточнения родства, добавили ещё один суффикс -ов, получив Мусалинов. Такая двойная суффиксация характерна для фамилий середины XIX века, когда крестьянам массово присваивали официальные фамилии, нередко усложняя исходную форму.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркским корнем «мусал» — молитвенная ниша в мечети (михраб). Тогда Мусалинов — потомок человека, служившего при мечети или жившего у михраба. Но против этой версии говорит то, что в тюркских языках слово «мусалла» чаще означало место для праздничной молитвы, а не фамильное прозвище.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным татарским и башкирским влиянием: Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан. Встречается и у кумыков, и у кавказских народов, где имя Муса особенно популярно. Социальный контекст прост: носители фамилии — потомки крестьян или казаков, получивших фамилию при переписях. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение.

Из известных носителей стоит упомянуть разве что спортсменов и деятелей культуры из Татарстана, но их биографии не дают дополнительных ключей к этимологии. Фамилия остаётся редкой — по открытым данным, в России её носят не более нескольких сотен человек, что делает её своеобразным маркером конкретного родового гнезда.