Фамилия Мусаутова — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешняя черта, а, скорее всего, географическое прозвище. Принадлежит к типу фамилий на -ов/-ев, указывающих на принадлежность к главе семьи (буквально «чей?» — Мусаутов). Мужская форма — Мусаутов, женская — Мусаутова.

Корень «Мусаут» не встречается в списках русских крестильных имён и не похож на славянское прозвище. Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках «Муса» — это арабское имя Моисей (Муса), очень распространённое у татар, башкир, казахов. Вторая часть «-ут» может быть древним аффиксом множественности или принадлежности, либо искажённым «-оглы» (сын). Таким образом, «Мусаут» могло означать «потомки Мусы» или «относящийся к Мусе». В некоторых диалектах «ут» — это «огонь» (ут, от), но в сочетании с именем это маловероятно.

Другая, менее убедительная гипотеза — слияние имени Муса и тюркского слова «аут» (охота, охотник). Но ономастика чаще фиксирует модель «имя + аффикс», а не «имя + существительное». Поэтому версия с патронимом (от имени Муса) выглядит предпочтительнее.

Фамилия крайне редкая. Её география — преимущественно регионы Поволжья и Южного Урала (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область), где исторически сильны тюркские языки. Встречается и у русских, и у татар, и у башкир — граница между этносами в таких фамилиях размыта. Если предки Мусаутовых были крещёными татарами или башкирами, фамилия закрепилась через церковные метрики; если мусульманами — через переписи населения XIX века.

В дворянских родословных книгах фамилия не значится. Скорее всего, носители были государственными крестьянами, ямщиками или казаками. Суффикс «-ов» вместо «-ин» (который чаще давали от имён на -а) указывает на то, что основа воспринималась как полноценное имя или прозвище, а не как уменьшительное.