В основе фамилии Мусенко лежит имя Муся — уменьшительная форма имени Моисей. Имя Моисей (или Моше по-еврейски) египетского происхождения и означает «дитя» или «вынутый из воды». Возможно, что фамилия Мусенко образована и от татарского имени Муса, которое также является вариантом имени Моисей. Поэтому Мусенко буквально понималось как «сын Муси».