Фамилия Мусенко звучит по-украински, и это сразу задаёт направление разбора. Перед нами типичная патронимическая модель с суффиксом -енко, который в украинской традиции означал «сын такого-то» или «потомок такого-то». Без этого суффикса остаётся основа Муса, и вот тут начинается самое интересное, потому что у этой основы есть как минимум два равноправных источника.

Самая прямая версия ведёт к имени Муся. В народной среде так ласково и сокращённо называли Моисея. Библейское имя Моисей (в еврейском произношении Моше) пришло из египетского языка, где, по распространённому толкованию, значило «дитя» или «вынутый из воды». Русские и украинские крестьянские семьи нередко использовали уменьшительные формы церковных имён в быту, и отчество от такой домашней формы вполне могло закрепиться за детьми. В этом случае Мусенко понималось бы буквально как «сын Муси», то есть сын человека, которого звали Муся.

Вторая версия связана с татарским именем Муса. Это тоже вариант имени Моисей, распространённый в тюркской и мусульманской среде. В южных степных регионах, где русские, украинцы и татары веками жили рядом, имена свободно переходили из одной традиции в другую. Поэтому нельзя исключать, что основа фамилии восходит именно к этому восточному варианту. Обе гипотезы в конечном счёте сходятся: и Муся, и Муса — это сокращённые или региональные формы одного библейского имени, так что смысл фамилии от выбора версии не меняется.

Интересно, что фамилия Мусенко не единственная в этом ряду. Рядом стоят Мусин, Мусинский, Мусатов, и все они тянутся к тому же корню. Но именно форма с -енко выдаёт украинское происхождение рода. Такие фамилии массово закреплялись на Левобережной Украине, в частности в казацкой среде, где патронимические прозвания на -енко были обычным делом. Правда, точных сведений о географии распространения именно фамилии Мусенко в старых документах мало, поэтому можно лишь осторожно предполагать, что её носители вышли из украинских земель.

Сам носитель фамилии в XVI–XVII веках, скорее всего, был человеком незнатного происхождения — казаком, мещанином или крестьянином. Дворянские роды обычно получали фамилии по владениям или по полной форме имени, а уменьшительная основа указывает на бытовую, народную среду. Впрочем, это не делает фамилию менее ценной: она сохранила живую память о том, как в семье называли предка, и о том, что имя Моисей в народном обиходе звучало просто и по-домашнему.