Фамилия Мусева — женская форма фамилии Мусев, и в её основе лежит мужское имя или прозвище Мус. Сама фамилия Мусев образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на согласный добавлялся суффикс -ев (фонетический вариант суффикса -ов после мягких и шипящих согласных). В данном случае суффикс -ев присоединён к основе «Мус», что указывает на происхождение отчества: «чей?» — «Мусев», то есть сын или потомок Муса.

Что же такое «Мус»? Здесь возможны два основных пути. Первый: это краткая форма от крестильного имени Мусей (Мусей, Мусейон). В древнегреческой мифологии Мусеем звали легендарного певца и прорицателя, ученика Орфея, а само имя означало «мусический», то есть «относящийся к музам», «вдохновенный». Имя Мусей встречалось в святцах, и в народной речи оно легко сокращалось до Мус. Второй, более вероятный для России XIX века, путь — тюркское происхождение. В татарском, башкирском и других тюркских языках имя Муса (арабский аналог библейского Моисея) очень распространено. Русские крестьяне и мещане, соседствовавшие с тюркскими народами, нередко адаптировали это имя, произнося его как Мус. В документах того времени запись «Мус» могла фиксировать именно тюркское имя без окончания -а.

Географически фамилия Мусев (и её женская форма Мусева) тяготеет к регионам смешанного славяно-тюркского населения: Поволжье, Урал, южные области России. Встречается она и в среде крещёных татар, и у русских, чьи предки жили в многонациональных сёлах. Интересно, что в некоторых говорах слово «мус» могло означать «хмурый человек» или «угрюмый» — от диалектного глагола «мусить» (дуться, сердиться). Однако эта версия менее убедительна: прозвища по характеру обычно образовывались от более распространённых и понятных корней, а «мус» в значении «угрюмый» — локальная и редкая лексема.

Таким образом, фамилия Мусева в большинстве случаев восходит либо к православному имени Мусей, либо к тюркскому Муса, и её носительницы — потомки людей, живших в зоне культурного и языкового контакта славян и тюрков. Фамилия не элитарная, не дворянская, а народная, крестьянская или мещанская.