Фамилия Мусинова чаще всего образована от имени Муся — уменьшительной формы канонического имени Моисей, которое в переводе с древнееврейского означает «спасённый из воды». Так в семье могли ласково звать мальчика или взрослого мужчину, а его дети и внуки со временем закрепили за собой отчество-прозвище Мусинов, которое позже приобрело «женскую» форму Мусинова. Такая модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу, то есть буквально «сын Муси», а окончание -а — на женскую линию рода.

Однако у этой фамилии есть и другие, менее очевидные корни. Вторая версия ведёт её к татарскому имени Муса, которое восходит к древнеегипетскому слову со значением «дитя». Это имя широко бытовало у народов Поволжья и Приуралья, поэтому у фамилии Мусинова могла сложиться и тюркская ветвь, независимая от русской традиции. В таком случае носители фамилии могли иметь предков-мусульман, принявших православие или сохранивших имя в качестве светского.

Третья, более редкая гипотеза связывает фамилию не с личным именем, а с прозвищем Муса, которое произошло от древнерусского слова «мусия» — так называли мозаику. Тогда Мусой могли прозвать мастера-мозаичника, искусного в создании узоров из смальты и камня. Это ремесло было штучным и ценилось высоко, особенно в церковном строительстве, так что предок мог быть не просто ремесленником, а уважаемым художником.

Наконец, существует предположение, что прозвище Муса связано с диалектными словами «мусак» или «мусат». В разных говорах они означали точильный брусок или инструмент для правки ножей. Если так, то Мусой могли называть человека, который точил инструменты, либо того, кто постоянно носил с собой такой брусок — например, странствующего ремесленника. Отсюда же могла пойти и версия о путешественнике или паломнике, который ходил по городам и сёлам со своим нехитрым скарбом.

Какую из версий считать основной — вопрос спорный. Наиболее вероятной выглядит первая, от имени Муся, потому что она опирается на живую традицию уменьшительных имён и объясняет форму фамилии без натяжек. Тюркская версия тоже имеет право на существование, особенно в регионах со смешанным населением, а вот «мозаичная» и «ремесленная» гипотезы остаются скорее экзотическими: они не подкреплены массовыми примерами и держатся на единичных диалектных совпадениях. Так или иначе, фамилия Мусинова — редкий случай, когда за одной формой скрываются сразу несколько историй, и каждая из них по-своему объясняет, откуда пошёл род.