Фамилия Мусюкова — женская форма фамилии Мусюков, а та образована от прозвища или имени Мусюк. Основа здесь — корень «мус-», который в русских говорах мог означать нечто мелкое, крошечное, незначительное. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «муся» — ласковое обращение к ребенку, а также «мусюкать» — говорить невнятно, мямлить. Вероятно, Мусюком в крестьянской среде могли прозвать маленького, тихого или неразговорчивого человека. Другая гипотеза отсылает к тюркским языкам, где «мус» означает «лёд» или «холод» — такое прозвище мог получить человек с холодным, суровым нравом. Но первая версия выглядит убедительнее, потому что суффикс -юк характерен именно для восточнославянских уменьшительно-ласкательных форм (ср. Иван — Иванюк, Пётр — Петрюк).

Словообразовательная модель проста: основа Мусюк + патронимический суффикс -ов, что в XV–XVII веках означало «сын Мусюка», а затем закрепилось как фамилия. Такие фамилии на -ов типичны для центральной России и Поволжья. Встречаемость фамилии Мусюков сегодня невысока, она сосредоточена в основном в Волгоградской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — регионах, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центральных губерний.

Интересная деталь: в некоторых старых документах встречается написание «Мусюковъ» с твёрдым знаком на конце, что указывает на принадлежность к купеческому или мещанскому сословию, где грамотность была выше. Однако в массе своей носители фамилии — потомки государственных или помещичьих крестьян, получивших фамилию по прозвищу родоначальника. Дворянских родов Мусюковых в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не значится, что подтверждает народное, незнатное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мусюков, Мусюкин, Мусюгин — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются по суффиксам, отражающим местные диалектные особенности: -ов (общерусский), -ин (северный и рязанский), -гин (редкий, возможно, от формы «Мусюга»).