Фамилия Мусайева — яркий пример того, как русская фамильная модель на -ев впитала в себя иноязычную основу. Она образована от мужского имени Мусай — это одна из диалектных и разговорных форм арабского имени Муса (библейский Моисей), популярного у народов, исповедующих ислам. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын (или потомок) Мусая», а окончание -а — на женскую форму фамилии, то есть носительница — женщина.

Основной ареал фамилии — Северный Кавказ и Закавказье. Она типична для азербайджанцев, лезгин, кумыков, чеченцев и других народов Дагестана. В этих регионах имя Мусай (или Муса) было распространено повсеместно, и фамилия Мусайев/Мусайева фиксируется в метрических книгах и списках избирателей с середины XIX века. Примечательно, что в русской традиции такие фамилии часто русифицировались через суффикс -ов/-ев, хотя в родных языках отчества могли оформляться иначе.

В отличие от многих фамилий, где основа прозрачна, здесь возможна и альтернативная версия. В некоторых тюркских языках слово «муса» может означать «шутник» или «весельчак», но это скорее исключение: подавляющее большинство носителей фамилии связывают её именно с именем пророка Мусы. Таким образом, предок носительницы фамилии Мусайева, скорее всего, был человеком по имени Мусай — уважаемым старейшиной, ремесленником или земледельцем, жившим в горном ауле или прикаспийском городе.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с такими же «русифицированными» моделями, как Алиев, Омаров, Ибрагимов. Но если в фамилиях на -ов чаще встречаются арабские полные имена (Али, Омар), то суффикс -ай в основе (Мусай) выдает диалектную или уменьшительно-ласкательную форму, что делает фамилию более «домашней», указывающей на близкое окружение предка.