Фамилия Мусинко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. Суффикс -енко (в бытовом или диалектном произношении часто редуцировался до -инко) в XVII–XVIII веках был главным показателем «детскости» или принадлежности: сын такого-то. В украинской антропонимии фамилии на -енко стали массово закрепляться как наследственные, вытесняя патронимы. Таким образом, Мусинко — это в первую очередь «сын Муси» или «потомок Муси».

Основа фамилии — имя или прозвище Муся. В этом слове, скорее всего, нет ничего общего с современным ласковым обращением к кошке. Муся — это краткая, домашняя форма от канонических крестильных имён Матвей (через Матюша, Матя, Мотя) или Моисей (через Мосей, Мося, Муся). На юге России и в Украине имя Моисей в народном произношении часто звучало как Мусей, отсюда и уменьшительное Муся. Встречается и версия, что Муся — производное от имени Амос (Амос → Амуся → Муся), но это менее вероятно.

С географической точки зрения фамилия Мусинко тяготеет к центральным и западным областям Украины. Могли быть и варианты написания: Мусиенко (более правильная литературная форма), Мусинко (с ассимиляцией звуков в разговорной речи). В России эта фамилия встречается редко и почти всегда указывает на украинские корни предков.

Социальный контекст: фамилии на -енко в основном носили казаки и крестьяне. Дворянство в Речи Посполитой и Российской империи предпочитало фамилии на -ский/-цкий. Поэтому предки современных Мусинко, скорее всего, были либо реестровыми казаками, либо свободными землепашцами, либо мещанами. Никаких упоминаний о знатном происхождении этой фамилии в исторических источниках нет.