Фамилия Мусинин — довольно редкий пример того, как суффикс мог перевесить основу. Если бы фамилию строили по самой частотной модели, мы бы увидели Мусин (от имени Муса или от прозвища Мус/Муса). Но здесь добавили двойной суффикс -ин-ин, что в русской ономастике встречается нечасто и почти всегда указывает на вторичное образование. То есть фамилия Мусинин, скорее всего, возникла не напрямую от прозвища, а от более ранней фамилии Мусин — её «переоформили» для сына или внука, добавив ещё один -ин. Такой приём характерен для северных и сибирских регионов, где в XVII–XVIII веках фамилии ещё не устоялись и их могли наращивать суффиксами при смене поколений.

Основа фамилии — имя или прозвище Муса. В русском языке это имя попало двумя путями. Первый — крестильное имя Моисей в народной форме Муса (сокращение, как Ива́н от Иоанн). Второй — тюркское имя Муса (арабское موسى, тот же библейский Моисей, но вошедшее через исламскую традицию). Для русских фамилий оба источника работали: в среде православных крестьян Муса было уменьшительным от Моисей, а в татарских и башкирских семьях — полноценным именем. Различить, от какого именно Муса пошла фамилия Мусинин, можно только по географии: если предки жили в Поволжье или на Урале, вероятнее тюркский след; если в центральных или северных губерниях — православный.

Есть и третья, менее вероятная версия: прозвище Мус от слова «мусор» в старом значении «мелкий камень, щебень» (диалектное). Но тогда логичнее ждать фамилию Мусин или Мусов, а не Мусинин — слишком сложная конструкция для прозвищного происхождения.

Фамилия остаётся малочисленной. В современных базах данных она встречается единично, без выраженного гнезда в одном регионе. Это подтверждает версию о вторичном образовании: такие фамилии редко давали массовые «гнёзда», потому что возникали в конкретной семье и не тиражировались на соседей. Носителю Мусинина стоит искать корни не в прозвище предка, а в фамилии его отца — тот, скорее всего, носил фамилию Мусин, а сын уже стал Мусининым.