Фамилия Мушоин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она похожа на типичную русскую фамилию с суффиксом -ин, который обычно указывает на принадлежность к предку: «чей?» — Мушоин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Мушой, Муша, Мушка. Но что стоит в основе — вопрос, требующий разбора.

Наиболее вероятная версия — связь с диалектным словом «муша» или «мушой». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «муша» могло означать нечто маленькое, крошечное, а также — прозвище невысокого, юркого человека. Встречается и значение «мушка», «мошка» — мелкое насекомое, что давало прозвище суетливому или надоедливому человеку. От такого прозвища и могла образоваться фамилия: Мушой → Мушоин.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — искажение при записи фамилии Мушуин или Мушеин. Если предка звали Мушей (уменьшительное от имени Демуш, Ермолай или даже Михаил), то фамилия в форме Мушоин могла появиться под влиянием местного произношения, где «е» перешло в «о» (так называемое «ёканье»). Однако документальных подтверждений такой трансформации для этой фамилии нет.

Географически фамилия Мушоин встречается крайне редко, в основном на территории бывшей Архангельской губернии и в Западной Сибири — регионах, где хорошо сохранились архаичные прозвищные фамилии. Это косвенно подтверждает первую версию: северные говоры богаты словом «муша» именно в значении «мелочь, кроха».

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или из среды посадских людей. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В написании встречается вариативность: Мушоин, реже Мушойн или Мушаин, но именно форма с -о- в суффиксе — самая устойчивая в современных документах.

Таким образом, основная версия: Мушоин — это «сын Мушоя», где Мушой — прозвище невысокого, подвижного или суетливого человека. Фамилия редкая, с северным следом, и её носитель, скорее всего, происходит из среды свободных крестьян или ремесленников Русского Севера.