Фамилия Мушнин напрямую связана с прозвищем Мушник, которое на Руси давали мучнику, то есть продавцу муки. В крестьянском быту мука значила едва ли не больше, чем хлеб: ею нередко заменяли крупу, поскольку каша считалась «праматерью хлеба». Поэтому торговец этим продуктом пользовался особым уважением на селе — от его расторопности и честности зависело, будет ли в доме сытно. Потомки такого человека со временем и получили фамилию Мушнин.

Однако существует и другая, менее очевидная версия происхождения. Она отсылает к слову «мушан» — так у черемисов, то есть марийцев, называли жреца и кудесника. Если следовать этой гипотезе, фамилия могла закрепиться за потомком шамана, славившегося сверхъестественными способностями. В таком случае Мушнины — наследники не торгового, а сакрального прозвища, что делает историю фамилии более пёстрой.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». То есть Мушнин — это сын, внук или более дальний потомок Мушника. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных прозвищ, и она же подсказывает, что фамилия закрепилась не в дворянской, а в крестьянской или посадской среде, где прозвища передавались по наследству естественным путём.

Какая из версий правдоподобнее? Первая, «мучная», выглядит убедительнее хотя бы потому, что слово «мушник» органично вписывается в восточнославянскую лексику, связанную с ремёслами и торговлей. Версия с марийским жрецом — экзотическая, но не невозможная: в зонах русско-финского пограничья такие заимствования случались, однако для неё нет массовых подтверждений в письменных источниках. В любом случае, фамилия Мушнин — редкий пример того, как одно прозвище может вести и к хлебному прилавку, и к языческому капищу.