Фамилия Мушнины образована от прозвища Мушник, и в её основе лежит слово «мушной». На Руси так называли мучника, то есть продавца муки. Роль этого продукта в крестьянском быту переоценить трудно: мука была основой ежедневного стола, и даже крупу нередко заменяли ею, поскольку кашу считали «праматерью хлеба». Тот, кто торговал мукой, занимался делом жизненно необходимым, а потому пользовался особым уважением на селе. Потомки такого человека и получили фамилию Мушнины.

Суффикс -ин в фамилии указывает на притяжательную модель: Мушнин — это «сын Мушника», что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный. Сама форма Мушник возникла от прилагательного «мушной» с помощью продуктивного суффикса -ник, обозначающего род занятий. Подобные фамилии-прозвища по профессии широко распространены: Ситников, Прянишников, Мельников.

Существует и менее очевидная версия, связывающая фамилию со словом «мушан». Так у черемисов, как раньше называли марийцев, именовали жреца и кудесника. По этой гипотезе, фамилию мог получить потомок шамана, славившегося сверхъестественными способностями. Версия эта правдоподобна лишь отчасти: русское население жило в соседстве с финно-угорскими народами, и заимствования в прозвищах случались. Однако более вероятным выглядит первое объяснение — через «мушного» мучника, поскольку оно опирается на живую словообразовательную цепочку внутри русского языка.

Интересно, что слово «мушной» в диалектах имело и другое значение — «относящийся к мухам», но для прозвища торговца мукой такая семантика вторична. В любом случае, фамилия Мушнины — памятник славянской письменности и культуры, отражающий либо хозяйственный уклад, либо редкие этнические контакты.