Фамилия Мушнина принадлежит к древнему пласту русских семейных именований, образованных от прозвищ. В ее основе лежит слово «мушник» — так на Руси называли мучника, то есть человека, торговавшего мукой. Мука в крестьянском хозяйстве значила едва ли не больше, чем зерно: ею нередко заменяли крупу в приготовлении блюд, поскольку каша считалась «праматерью хлеба». Продавец этого жизненно необходимого продукта пользовался особым уважением на селе — от его дела зависело, будет ли в доме хлеб.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: прозвище Мушник, закрепившееся за главой семьи, дало начало отчеству, которое затем перешло в фамилию. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мушнина буквально означает «дочь или жена Мушника», а в более широком смысле — «из рода Мушниковых». Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Существует и вторая, более экзотическая версия происхождения. Слово «мушан» у черемисов, как в старину называли марийцев, означало жреца и кудесника. Если придерживаться этой гипотезы, прозвище Мушник мог получить потомок шамана, славившегося сверхъестественными способностями. Однако эта версия выглядит менее убедительной: фонетически «мушан» и «мушник» расходятся сильнее, чем кажется на первый взгляд, и для такого перехода потребовалось бы дополнительное промежуточное прозвище. К тому же в русских говорах слово «мушник» в значении «мучник» зафиксировано надежно, тогда как связь с марийским жречеством остается лишь предположением.

Процесс закрепления фамилий на Руси растянулся на столетия, и точно сказать, когда именно и в какой местности возник род Мушниных, можно только после глубоких генеалогических изысканий. Но уже сейчас ясно: фамилия эта — не случайный набор звуков, а память о занятии предка, человека, который кормил село, или, если верить второй версии, о хранителе древних тайн.