Фамилия Мусиенков образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ов, но её основа не так проста, как кажется. В ней скрыто двойное суффиксальное наслоение: сначала появилась фамилия Мусиенко (с украинским уменьшительным суффиксом -енко, указывающим на «сына» или потомка), а затем, при переносе в великорусскую среду, к ней добавили ещё один патронимический суффикс -ов. Так Мусиенко стал Мусиенковым — то есть «сыном того, кто был Мусиенко». Это частая история для фамилий, которые возникли на территории современной Украины или Беларуси, а потом носители переселились в центральные или южные губернии России.

Корень — Мусий. Это народная, разговорная форма церковного имени Моисей (древнееврейское «взятый из воды»). В украинской и белорусской традиции имя Моисей часто упрощалось до Мусий, Мусей, а в некоторых говорах — до Мусь. Соответственно, Мусиенко — это буквально «маленький Мусий» или «сын Мусия». В русских говорах такое имя тоже встречалось, но реже, поэтому фамилия Мусиенков — яркий маркер смешанного происхождения: украинская основа, обрусевшая через суффикс.

Географически фамилия больше всего привязана к югу России и бывшим малороссийским губерниям. В XIX веке Мусиенковы фиксировались в Курской, Воронежской, Харьковской и Полтавской губерниях. Сейчас она встречается в основном в центральных областях России и на Украине, но не входит в число распространённых — это редкая фамилия, что говорит о локальном гнезде её возникновения.

Есть и альтернативная версия, которую выдвигают некоторые ономасты: основа могла быть не от имени, а от прозвища Мусий, связанного с диалектным словом «мусить» (быть должным, обязанным) или «муса» (суета, беспорядок). Но эта гипотеза слабее, потому что прозвища от глаголов в форме повелительного наклонения для фамилий нехарактерны, а имя Моисей в народной форме даёт прямое и надёжное объяснение.

Таким образом, предок носителя фамилии Мусиенков был, скорее всего, человеком по имени Мусий (Моисей), а его потомок, перебравшись в русскоязычную среду, получил двойной патроним. Род занятий предка по фамилии не угадывается — перед нами чисто именная, а не профессиональная фамилия.