Фамилия Мусникова — женская форма от Мусников, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или профессией. Основа фамилии — «мусник». В русских говорах этим словом называли человека, который варит, продаёт или любит муст — сладкое сусло, молодое пиво или брагу. В некоторых диалектах «мусник» — это и сам любитель хмельного, и тот, кто его готовит. Таким образом, предок-Мусников мог быть пивоваром, корчмарем или просто человеком, неравнодушным к крепким напиткам.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от названий профессий и прозвищ. Модель простая: прозвище Мусник → Мусников («сын Мусника»). Интересно, что фамилия не слишком частая и имеет чёткую северо-западную привязку: по данным переписей XIX века, основная масса Мусниковых жила в Псковской и Новгородской губерниях, а также в соседних уездах Тверской. Это объяснимо — именно в этих краях слово «мусник» было в ходу, а пивоварение на основе местного хмеля было традиционным промыслом.

Встречаются и альтернативные версии, но они менее убедительны. Иногда фамилию связывают с тюркским «муса» (Моисей) — якобы через форму Мусник. Но суффикс -ник в русском языке редко присоединяется к личным именам напрямую, а для прозвища по имени Мусей или Муса типичнее было бы образование Мусин. Поэтому профессиональная версия — основная.

Ударение в фамилии чаще всего падает на первый слог: Му́сникова. В некоторых семьях, особенно при миграции на юг, могли переносить ударение на второй слог (Муснико́ва), но это уже вторичное явление. Сама фамилия — редкий пример того, как забытый диалектный промысел сохранился в родовом имени.