Фамилия Мустахим — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское или арабское имя стало основой фамилии, сохранив исходную форму почти без изменений. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев или -ин, здесь нет привычного патронимического окончания. Это указывает на сравнительно позднее закрепление фамилии, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда фиксация прозвищ и личных имён в метриках шла уже по упрощённой схеме, без обязательной русификации.

Основа фамилии — мужское личное имя Мустахим. Оно восходит к арабскому корню, означающему «твердый», «стойкий», «непоколебимый». В исламской традиции это одно из эпитетов, подчёркивающих силу характера или веры. В тюркских языках, через которые имя попало в среду татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, оно могло осмысляться как «настойчивый» или «упрямый в хорошем смысле». Таким образом, носитель фамилии — потомок человека, которого в общине знали под этим именем, возможно, данному при рождении или полученному как прозвище за твёрдость нрава.

Географически фамилия Мустахим наиболее вероятна среди татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа, где распространены арабские имена с тюркской огласовкой. В русских переписных книгах и ревизских сказках такие фамилии без суффиксов встречаются редко, поэтому найти ранние письменные упоминания сложно. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами, ремесленниками или торговцами — людьми, чьи имена фиксировали по звучанию, не переделывая на русский лад.

Стоит отметить, что в некоторых случаях фамилия может быть искажённой формой от более длинного арабского имени, например, Мустахим-ад-дин («стойкий в вере») или Мустаким («прямой»). Однако вариант Мустахим как самостоятельное имя зафиксирован в тюркских именословах, и именно он — наиболее прямое объяснение. Фамилия не имеет отношения к русским словам или прозвищам, это чистый пример заимствования личного имени в качестве родового.