Фамилия Мустан — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение не укладывается в привычную модель «крестильное имя + суффикс -ов/-ев», поэтому сразу привлекает внимание ономастов. Главная загадка здесь — основа, а не окончание: фамилия застыла в форме, типичной для тюркских языков, и не получила русского патронимического суффикса.

Самый вероятный путь — от тюркского прозвища или имени Мустан. В татарском, башкирском и казахском языках слово «мустан» (мустанг) или близкое к нему «мустафа» имеет значение «избранный», «чистый». Однако в народной среде прозвище могли дать и по внешнему признаку — например, человеку с густыми, «львиными» усами (от тюркского «муста» — ус). Такие прозвища-характеристики были распространены у народов Поволжья и Приуралья, где фамилия Мустан встречается чаще всего.

Словообразовательная модель здесь нетипична. Фамилия не получила русского суффикса -ов (Мустанов) или -ин (Мустанин), а сохранила исходную тюркскую форму. Это говорит о том, что носители фамилии могли быть из среды, где русская административная система не сразу «перекроила» фамилию на привычный лад, либо фамилия попала в документы уже в XX веке, когда стандартизация стала менее жёсткой. Встречаются и варианты написания — Мустан, Мустан-оглы, что подтверждает восточные корни.

Есть и менее очевидная версия: связь с арабским именем Мустафа через диалектное сокращение. В некоторых говорах «Мустафа» могло стянуться до «Мустан», а затем закрепиться как фамилия. Но эта гипотеза слабее, потому что стяжение имени до такой формы нехарактерно для татарской или башкирской антропонимии, где «Мустафа» обычно даёт фамилию Мустафин.

Географически фамилия привязана к Татарстану, Башкортостану и соседним областям (Оренбургская, Челябинская). Встречается она редко, поэтому у носителей нет широко известных однофамильцев — фамилия остаётся локальной и не «растворилась» в массовых списках.