Фамилия Мустанов — редкий случай, когда угадывается основа, но неочевидно, от какого именно слова её образовали. На слух она кажется тюркской, и это верное направление. Корень «мустан» или «мустанг» — это не английское название дикой лошади (которое пришло в русский из испанского через английский), а арабское имя Мустан (Мустанг) или его диалектные варианты. В основе лежит арабское слово «мустан» — «крепкий», «сильный», «могучий». Это имя или прозвище давали человеку с соответствующими качествами: физической силой, стойкостью характера, несгибаемостью. Встречается оно у народов, исповедующих ислам, — татар, башкир, казахов, народов Кавказа.

Словообразовательная модель проста и типична для русской фамилии: к основе «Мустан» добавили суффикс принадлежности -ов. Так, по правилам русской грамматики, из тюркского прозвища сделали фамилию, означающую «сын Мустана» или «потомок Мустана». Аналогично образованы фамилии Мустафин, Мустакимов, Мустаев — все от арабских имён с корнем «муст-», означающим избранность или силу.

Географически фамилия Мустанов тяготеет к регионам Поволжья, Урала и Северного Кавказа, где исторически сильны тюркские и мусульманские традиции. Встречается она и у русских, но тогда, скорее всего, предки носили тюркское прозвище, которое затем закрепилось как фамилия. В отличие от более частотных Мустафиных или Мустаевых, Мустановы — группа малочисленная, что говорит о локальном бытовании фамилии: возможно, она пошла от одного конкретного рода или села.

Есть и менее вероятная, но любопытная версия: связь с русским диалектным словом «мустан» — в некоторых говорах так называли упрямого, своенравного человека, «мустанного» (от «мутить», «мутиться»?). Но эта гипотеза слабая, так как слово не зафиксировано в словарях как распространённое, а арабское происхождение и тюркская среда дают более надёжное объяснение. Таким образом, фамилия Мустанов — это скорее всего память о предке, которого за силу и крепость духа прозвали Мустаном.