Фамилия Мустанова — женская форма от Мустанов, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -ов указывает на типичную русскую модель образования от имени или прозвища отца: Мустанов — сын Мустана. Но основа здесь не славянская, а тюркская. Имя Мустан восходит к арабскому «мустафа» — «избранный» (один из эпитетов пророка Мухаммеда). В тюркской среде это имя давали в честь пророка, и оно прошло через фонетические изменения: «мустафа» превратилось в «мустан» из-за упрощения или диалектного произношения (выпадение конечного «фа»). Так что предок-носитель этой фамилии, скорее всего, носил имя Мустан, а сама фамилия закрепилась за его потомками.

География фамилии довольно узкая. Встречается она преимущественно в Татарстане и Башкортостане, а также в Оренбургской области — регионах с давним татарским и башкирским населением. Это подтверждает тюркское происхождение: фамилия образована по русской модели (-ов), но от мусульманского имени, что типично для крещёных татар или для тех, кто жил в смешанной с русскими среде и получил фамилию по отцу при переписях.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ин (типа Мустафин, тоже от «мустафа»), форма Мустанов встречается реже. Суффикс -ов чаще давали тем, чьё имя оканчивалось на твёрдый согласный, — и «Мустан» как раз подходит под это правило. Если бы исходное имя было «Мустафа», фамилия скорее стала бы Мустафин. Значит, в основе лежала именно краткая форма — Мустан. Это могло быть и прозвище, и обиходное сокращение длинного арабского имени.

Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не дворянская, не купеческая, но и не крестьянская «уличная» — скорее всего, её носители были государственными крестьянами или служилыми татарами, которые получали фамилии при ревизиях в XVIII–XIX веках. Писалась она всегда устойчиво, без вариантов вроде Мустанова/Мустонова, что говорит о поздней фиксации, когда орфография уже устоялась.

Однокоренные фамилии — Мустафин, Мустафаев, Мустафокулов — все восходят к тому же арабскому корню, но Мустанов стоит особняком из-за редуцированной основы. Это как раз тот случай, когда фамилия хранит не имя, а его бытовую, разговорную форму, которая в документах почти не встречалась.