Фамилия Мустипан — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, стоит отбросить суффикс, который сразу бросается в глаза, и поискать корень в диалектах и забытых прозвищах.

Первое, что видит глаз — окончание «-ан». В русских фамилиях этот суффикс встречается нечасто, но он есть. Обычно он указывает на украинское, польское или белорусское происхождение (сравните: Гайдук — Гайдукан, Голова — Голован). В таком случае основа «Мустип» — это исходное прозвище. Если пойти дальше, можно предположить, что в основе лежит глагол «мустить» или «мустити». В южнорусских и украинских говорах «мустить» означало «заставлять, принуждать», а также «мутить, ссорить, подбивать на что-то». Прозвище «Мустипа» могли дать человеку настырному, задиристому или тому, кто постоянно вносил раздор. Тогда Мустипан — это потомок такого «мутилы» или зачинщика.

Вторая версия, более прозаичная: фамилия могла возникнуть как искажение или опрощение более длинной формы. Например, при переписи или в быту сложное «Мустипанов» могли сократить до «Мустипан», отбросив суффикс принадлежности «-ов». В этом случае исходное прозвище «Мустипан» могло быть составным: от тюркского «мустафа» (избранный) или от греческого «мустис» (посвященный в тайну, мист). Но это уже гадательная лингвистика: тюркские и греческие корни для русской глубинки маловероятны, если только носитель фамилии не был выходцем из духовного сословия или переселенцем с юга.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу — Украине, Белоруссии и пограничным областям России (Брянская, Курская). Встречается она редко, и это говорит о том, что прозвище было локальным, а род, скорее всего, не был многочисленным. Социальный состав предков — вероятнее всего, крестьяне или мещане: прозвища с оттенком поведения (мутить, заставлять) в дворянской среде не приживались.

Таким образом, наиболее правдоподобная версия: фамилия Мустипан образована от прозвища Мустипа, которое дали человеку с неспокойным, подстрекательским характером, «мутильщику». Суффикс «-ан» выдаёт западнорусское или украинское происхождение.